Существовал в 1827-1866; 1885-1891 (с 1827 по 1828 и с 1836 по 1847 - Ученый комитет Морского министерства, с 1828 по 1831 - Ученый комитет Морского штаба е.и.в., с 1831 по 1836 - Ученый комитет Главного морского штаба е.и.в., с 1847 по 1866 и с 1885 по 1891 - Морской ученый комитет) гг.

Создан в составе Морского министерства под названием Ученый комитет на основании положения "О предварительном образовании Морского министерства", утвержденного императором Николаем I 24 августа 1827 года, в целях изучения и обобщения новых достижений в различных отраслях военно-морского дела в России и за рубежом и воплощения этих достижений в жизнь.

С 1828 года вошел в состав Морского (с 1831 - Главного морского) штаба е.и.в. С 1836 года (после объединения Главного морского штаба е.и.в. и Морского министерства) включен в состав Морского министерства. В 1847 году переименован в Морской ученый комитет.
С 1867 на основании приказа генерал-адмирала от 19 декабря 1866 года Морской ученый комитет был упразднен, а его функции переданы ученому отделению Морского технического комитета Морского министерства. В ходе общего преобразования управления морским ведомством, положение о котором было утверждено 3 июня 1885 года, Морской ученый комитет был восстановлен как самостоятельное центральное учреждение Морского министерства.
Морской ученый комитет занимался сбором и разработкой новых сведений в области навигации, морской астрономии, гидрографии, метеорологии, кораблевождения, военно-морской тактики, морской сигнальной части, спасательных средств и обеспечения безопасности плавания; рассматривал проекты изобретений и предложений, составлял инструкции по научной части командирам судов, отправлявшихся в дальние плавания, и изучал результаты наблюдений, проводившихся во время плаваний; давал заключения по вопросам столкновения судов и нарушения правил судоходства для судебного рассмотрения дел; участвовал в надзоре за морскими учебными заведениями (в 1827-1866 гг. представители Морского ученого комитета присутствовали на экзаменах воспитанников и утверждали кандидатуры учителей),

С 1885 года на него было возложено "общее заведование учебными заведениями морского ведомства. Морской ученый комитет издавал "Ученые записки", руководил деятельностью журнала "Морской Сборник" (с 1848 года) и библиотекой Морского министерства.

Морской ученый комитет включал председателя, 4 (с 1847 - 5) непременных членов, почетных членов и корреспондентов.

Председатель (в чине генерала, с 1847 - адмирала; с 1860 эту должность занимал директор Гидрографического департамента Морского министерства, с 1885 - начальник Главного гидрографического управления министерства) назначался именным указом императора Сенату и высочайшим приказом по флоту, а непременные члены (из штаб-офицеров флота и корпусов морской артиллерии и корабельных инженеров) - высочайшими приказами по флоту.
Почетные члены и корреспонденты после избрания утверждались руководством морского ведомства.
Решения Морского ученого комитета принимались большинством голосов. Делопроизводство вел ученый секретарь, при котором состояла канцелярия, не имевшая структуры.

Морской ученый комитет упразднен на основании указа императора Александра III от 8 июля 1891.
Обязанности комитета были распределены между Морским техническим комитетом Морского министерства, Главным морским штабом и Главным гидрографическим управлением.