Существовал в 1904-1905 (с 7 февраля по 16 марта 1904 - Морская походная канцелярия при полевом штабе наместника на Дальнем Востоке) гг.

Оперативный орган, сменивший Временный морской штаб наместника на Дальнем Востоке, управлявший морскими силами Тихого океана накануне русско-японской войны 1904-1905 гг, и размещавшийся в г. Порт-Артуре.

С начала войны с Японией наместник на Дальнем Востоке адмирал Е.И. Алексеев стал главнокомандующим сухопутных и морских сил Российской империи на Дальнем Востоке.

Морская походная канцелярия при Полевом штабе наместника Дальнем Востоке учреждена приказом № 119 от 7 февраля 1904 года, этим же приказом определен и ее состав по "Временному штату походных канцелярий...": начальник Морской походной канцелярии (контр-адмирал), старший адъютант (лейтенант), старшие и младшие делопроизводители, юрисконсульт, 2 писаря I статьи и 2 -II статьи. В связи с выездом по военным обстоятельствам адмирала Е.И. Алексеева из Порт-Артура приказом наместника № 187 от 24 февраля 1904 Морская походная канцелярия сформировалась окончательно: в ее состав вошла часть бывшего Временного морского штаба с тем же штатным расписанием, что и по приказу № 119, а вскоре приказом наместника № 189 от 25 февраля1904 года ее штат был расширен введением еще одной должности старшего адъютанта причем оба адъютанта приравнивались к должностям личного адъютанта наместника и адъютанта Временного морского штаба.

В связи с потребностями военного времени и необходимостью существования при наместнике Морского штаба приказом наместника № 256 от 16 марта 1904 года Морская походная канцелярия была переименована в Морской походный штаб наместника на Дальнем Востоке, расширив свои функции до функций оперативного органа по управлению действующим флотом. Штаб по-прежнему не имел четко выраженной организационной структуры и штат его ограничивался тем же кругом лиц: начальник штаба, 2 адъютанта, юрисконсульт, делопроизводители, писари.

Основные функции: делопроизводство, связанное с руководством морскими силами на Дальнем Востоке накануне и в период русско-японской войны 1904-1905 гг., координацией боевых действий, подготовкой и укреплением боевого состава и боевой готовности флота, строительством, ремонтом, снабжением и вооружением судов эскадры Тихого океана, назначением, перемещением и награждением личного состава, осуществлением гражданского управления в Квантунской области.

12 октября 1904 года адмирал Е.И. Алексеев освобожден от должности главнокомандующего морских и сухопутных сил на Дальнем Востоке и отозван в Петербург, вместе с ним туда отправлены были часть чиновников и дел Морского походного штаба.

Расформирован приказом № 53 по Морскому ведомству от 19 марта 1905 года на основании высочайшего указа от 14 марта года.

На ликвидационный период в штате осталось 2 чиновника: 21 июля 1905 года все дела сданы в Архив Морского министерства.