Существовал в 1827-1867 (с 1827 по 1860 - Строительный департамент по морской части) гг.

Строительный департамент по морской части учрежден вместо существовавшего при исполнительной экспедиции Адмиралтейств-коллегий строительного отделения именным указом императора Николая I Сенату от 6 марта 1827 года.

Штат утвержден 3 мая 1827 года. Состоял из канцелярии начальствующего над департаментом, директора и вице-директора, 3 отделений (по 2 стола в каждом), чертежной и архива. Управление департаментом временно осуществлял Инженерный департамент Военного министерства.
Строительный департамент по морской части заведовал строительной частью в портах Балтийского моря и Архангельске (объединенных в Северный округ морской строительной части), а также в Астрахани; ведал проектированием, постройкой и содержанием всех сооружений морского ведомства: адмиралтейств, казарм, арсеналов, гидротехнических объектов и т.д.
3 сентября 1831 года Строительный департамент подчинен начальнику Главного морского штаба е.и.в. (ГМШ) с преобразованием Канцелярии начальствующего над департаментом в 3-е отделение Канцелярии начальника ГМШ.
В 1837 году к Строительному департаменту отошло заведование строительной частью в Черноморских портах, объединенных в Южный округ морской строительной части (существовал до 10 октября 1859 года). По утвержденному 25 ноября 1837 года новому штату Строительный департамент состоял из: 3 отделений, канцелярии, казначейской и экзекуторской частей, канцелярии инспектора департамента по инспекции Корпуса инженеров морской строительной части, комитета проектов и смет, архива и чертежной.
Высочайшим указом от 27 января 1860 года в рамках реформы управления морского ведомства Строительный департамент преобразован в Морское строительное управление Морского министерства, состоявшее из Технического строительного комитета, канцелярии начальника управлений и чертежной.
В соответствии с приказом генерал-адмирала № 179 от 19 декабря 1866 года Морское строительное управление было упразднено с 1 января 1867 года, основные его функции перешли к строительному отделению создаваемого с того же числа Морского технического комитета. Это положение было закреплено высочайше утвержденным 18 июня 1867 года "Положением об управлении мор. ведомством".