Пафнутий, митрополит Сарский и Подонский, из архимандритов Чудова монастыря, в котором в его настоятельство находился некоторое время в числе братии Григорий Отрепьев, впоследствии самозванец Лжедимитрий.

В сане архимандрита Чудова монастыря Пафнутий в 1598 г. был на соборе об избрании царя Бориса.

Из летописей не видно, когда он хиротонисан на Крутицкую кафедру, но в 1599 г. он упоминается еще чудовским архимандритом.

В числе чиновников Государственного совета при самозванце находился и митрополит Сарский и Подонский; он присутствовал 8-го мая 1606 г. и при бракосочетании Отрепьева с Мариною.

В 1606 г. (в июне) Пафнутий присутствовал при короновании царя Василия Шуйского; в феврале 1607 г. он ездил в Старицу за патриархом Иовом для разрешения народа от клятвы царю Борису.

Когда Пафнутий скончался, неизвестно, но 29-го июля 1612 г. идет уже дело об избрании ему преемника.