В 1721-1763 гг.

Центральное учреждение, созданное именным указом от 14 августа 1721 года.

Подчинялась непосредственно монархам, фактически зависела в 1732-1741 годах от Кабинета министров, остальное время - от Сената.

В качестве отделения Медицинской канцелярии на всем протяжении ее существования функционировала центральная Медицинская контора в Москве [в 1728-1732 гг. - в Петербурге]. Имела также в своем подчинении местную Медицинскую контору в Астрахани, некоторые госпитали и аптеки (при полномочиях "правления медицинским делом" всех медицинских учреждений без учета их ведомственной принадлежности).

Находилась в Петербурге (с 1728 по 1732 гг. - в Москве). 

Место Медицинской канцелярии в государственном аппарате определялось статусом возглавлявших ее всегда (кроме периода с конца 1730 до начала 1732 гг.) архиатров (т.е. главных врачей империи, должность которых была введена 30 апреля 1716 года) и специально подтверждалось именными указами от 13 февраля 1732 года и 18 сентября 1735 года.

Внутреннее устройство Медицинской канцелярии было приведено в соответствии с другими "коллегиями и канцеляриями" высочайше утвержденным 9 января 1733 года докладом архиатра И. Ригера и окончательно уточнено штатом от 11 декабря 1744 года. Порядок деятельности по нормам "Генерального регламента" от 28 февраля 1720 г. официально установлен именным указом от 14 сентября 1730 года, но разработка принципов оформления и соотношения документации на русском, латинском и немецком языках завершилась, по-видимому, лишь накануне упразднения.

Компетенция Медицинской канцелярии сложилась на основе последовательного развития в 1720-1730-е годв начал государственного здравоохранения, как они были декларированы в части 2 Морского регламента от 5 апреля 1722 года, и затем нашла отражение в ряде актов, важнейшими из которых были Генеральный регламент о госпиталях от 24 декабря 1735 года и Регламент о содержании полевых аптек от 9 марта 1736 года.
Медицинская канцелярия была открыта вследствие частичной реализации проекта о "коллегии медикум" архиатра Л.Л. Блюментроста, который получил в свое единоличное распоряжение 2 секретарей (русского и "иноземца"), переводчика, 2 канцеляристов, 5 копиистов, 2 сторожей и 10 рассылыциков. Из сравнения этого контингента с руководимой архиатрами ранее Канцелярией Главной аптеки в Петербурге можно заключить, что Медицинская канцелярия не должна была впредь непосредственно пополнять и охранять крупнейшие аптекарские запасы столицы. Но перешедшая к ней от Канцелярии Главной аптеки власть над медицинскими кадрами, расширенная уже 14 августа 1721 года, укреплялась и в дальнейшем, хотя большинство медицинских учреждений в финансово-экономическом смысле продолжали подчиняться Синоду, Адмиралтейств- и Военной коллегиям, др. высшим, центральным и местным органам.
Правильный характер приобрело и ведение Медицинской канцелярии "физических дел", к которым относились, по терминологии XVIII в., противоэпидемические меры, проверка аптек с их "огородами", аттестация врачей и преследование незаконного врачевания, знахарства и продажи ядов, лечение колодников, массовые и индивидуальные медицинские осмотры по представлениям различных инстанций, вскрытие умерших и т.п.

Перечисленные обязанности медицинской полиции Медицинской канцелярии с момента основания исполняла, как и Канцелярия Главной аптеки, силами столичных врачей, привлекаемых на время, при участии или от имени архиатра как "первого физика" государства. 9 января 1733 года специально для этих целей при Медицинской канцелярии был образован постоянный физикат из доктора со званием штадт-физика, лекаря и оператора, к которым в 1750 года были присоединены несколько лекарей, ожидавших новых назначений, а в 1754 году - доктор и 2 лекаря для "больных с сыпями" в Петербурге (т.е. для лечения исключительно оспы и др. инфекционных заболеваний).
Освобожденные т.о. от повседневных административных проблем, архиатры сохранили за собой прерогативу общего управления медицинской частью и подготовки ее правовой базы, для чего получили себе в помощь по штату от 11 декабря 1744 года еще одного доктора "со знанием канцелярских дел" (14 сентября 1730 года архиатров попытались заменить "собранием" из 5 докторов, фактически возложивших директорство на не имевшего мединского образования секретаря, но уже в начале 1732 года его должность была восстановлена в полном объеме). Собственно канцелярский персонал Медицинской канцелярии тоже увеличивался (к 1744 году - вдвое), в результате чего ее личный состав в целом вместе с физикатом и обучавшимися здесь (с конца 1730-х годов) писарями для полевых аптек в сер. XVIII в. уже превышал 40 человек, не считая сторожей и солдат для караула и посылок.
Медицинская канцелярия осуществляла: разработку штатов военной и гражданской медицинской службы, положений о статусе занятых в ней лиц, их должностных инструкций, каталогов лекарств и хирургических инструментов, учебных программ, "наставлений, относящихся до сохранения народного здравия" и т.п.; экзаменование врачей, имевших иностранные дипломы или прошедших курс обучения в России, фармацевтов и (с 1754 г.) повивальных бабок; определение докторов, лекарей, аптекарей, гезелей и др. медицинских чинов на "штатные" места в армии, флоте, учреждениях, предприятиях, учебных заведениях в столицах, губернских и провинц. городах (кроме Прибалтики), на пограничных форпостах; контроль за их службой, частной практикой, расследование злоупотреблений, разбор профессиональных споров, ведение судебных дел и защиту от притеснений военного командования и местных "правителей"; организацию импорта и заготовки химического сырья, растений и др. ингредиентов для лекарств, готовых препаратов и минеральных вод; вынесение заключений о свойствах вновь найденных источников, трав, полезных ископаемых, а также материалов, конфискованных у самозванных целителей; техническое содействие открытию госпиталей, госпитальных школ, аптек (как казенных, так и "вольных"), аптекарских огородов (т.е. ботанических садов и специальных оранжерей), карантинных домов (с 1742 года); надзор за состоянием всех медицинских учреждений и снабжение их некоторыми видами медикаментов; сбор сведений об общераспространенных и "странных" болезнях и методах лечения; покупку и печатание научной литературы; обеспечение соблюдения в Петербурге законов о "пользовании" больных и торговле "аптекарскими товарами"; оказание медицинской помощи отдельным лицам, освидетельствование рекрутов, заключенных и увольняемых в отставку (с 1736 года) по инвалидности, судебно-медицинскую экспертизу.
Решение текущих медико-санитарных вопросов Медицинская канцелярия всегда разделяла по территориальному признаку с Медицинской конторой в Москве. Свои постановления Медицинская канцелярия активно проводила через Сенат и Синод, неизменно, однако, оставляя за собой исключительные права координации политики в данной области "государственного хозяйства". При этом в первое десятилетие своего существования Медицинская канцелярия отвечала преимущественно за удовлетворение медицинских потребностей армии и флота. В 1730-е годы был сделан решающий шаг в регламентации практической медицины и фармации, а также расширении сети госпиталей и аптек. Впоследствии стараниями Медицинской канцелярии была введена в действие система постоянных и экстренных карантинов против эпидемий и эпизоотии, приняты некоторые меры к становлению учрежденного 6 июля 1737 года инстиьута городских врачей в крупных административных центрах. С 1740-х годов Медицинская канцелярия стала уделять много внимания госпитальным школам и изысканию других способов количественного роста медицинского корпуса. Впечатляющих успехов в его комплектовании прежде всего отечественными кадрами достичь не удалось, но общая численность старшего медицинского персонала которому по Плану о рангах от 28 марта 1762 года были присвоены достаточно высокие чины, была к этому времени доведена до 313 человек (в нач. XVIII в. в России было, насколько известно, около 150 врачей). Медицинская канцелярия добилась также значительного уровня организации здравоохранения в Петербурге и постепенного распространения сферы своего влияния вопреки попыткам центральных и местных властей уклониться от "излишних" лечебных и профилактических затрат.
Медицинская канцелярия была закрыта вследствие именного указа от 12 ноября 1763 года о создании Медицинской коллегии, к которой перешли все ее функции и ресурсы.