В 1818-1904 гг.

Должность впервые регламентирована в Уставе о карантинах от 21 августа 1818 года.

Назначался Министерством внутренних дел из отставных морских штаб-офицеров.

Функции: общее руководство карантинным портом. Капитан карантинного порта доносил Карантинному правлению о задержанных судах, назначенных сроках очищения и т.д.; лично руководил процедурой осмотра судов, опрашивал команду и пассажиров (был обязан обеспечивать безопасность лица, давшего показание против шкипера), фиксировал в шнуровой книге судно, команду и пассажиров, а также принимал решение о задержании. Он доставлял бумаги судна в Карантинное правление.

Имел в подчинении карантинные брандвахты, катера с командами и судовую стражу, а также помощника, который вел книгу учета того, что случилось за день.

Капитан карантинного порта имел VII кл. "Классного расписания должностей"; его помощник - IX.

Капитан карантинного порта имел те же ограничения по службе и подвергался таким же наказаниям, как и др. карантинные чиновники (см. Управляющий карантином и Карантинный комиссар).

Должность просуществовала до ратификации 15 марта 1904 года Россией Парижской Международной санитарной конвенции, в соответствии с которой были образованы врачебно-наблюдательные станции и пункты.